Juan Ciudad Duarte nació en 1495, en Montemor-o-Novo (Portugal), en el seno de una familia humilde. Cuando aún no contaba con diez años, se establece en Oropesa (Toledo), en la casa de Francisco Cid Mayoral, al cual le servía como pastor. En 1523 se alista en el ejército y participa en varias guerras, la última en 1532, en la campaña de Carlos I contra los Turcos. Fue para él una dura experiencia, siendo expulsado en una ocasión. En 1535 se pone a trabajar como albañil en la fortificación de la ciudad de Ceuta. Allí ayuda, con sus ingresos, a una noble familia que vive en la ruina. Más tarde, pasa a Gibraltar, donde se hace vendedor ambulante de libros y estampas. De ahí se traslada definitivamente a Granada, donde llega en 1538 y abre una pequeña librería en la Puerta Elvira.

El 20 de enero de 1539 se produce un hecho trascendental. Mientras escuchaba el sermón predicado por Juan de Ávila en la granadina Ermita de los Mártires, tiene lugar su conversión. Las palabras del maestro Ávila producen en él una conmoción tal, que le lleva a repartir los libros que vendía, vaga desnudo por la ciudad, los niños lo apedrean y todos se mofan de él. Su comportamiento es el de un loco y, como tal, es encerrado en el Hospital Real. Allí trata con los enfermos y va ordenando sus ideas y su espíritu mediante la reflexión profunda. Juan de Ávila dirige su joven e impaciente espíritu y lo manda peregrinar al santuario de la Virgen de Guadalupe en Extremadura. Allí madura su propósito y a los pies de la Virgen promete entregarse a los pobres, enfermos y a todos los desfavorecidos.

Juan vuelve a Granada en otoño de 1539, lleno de entusiasmo y humanidad. Los recursos con los que cuenta son su propio esfuerzo y la generosidad de la gente. En un principio utiliza las casas de sus bienhechores para acoger a los enfermos y desfavorecidos de la ciudad. Pero pronto alquila una casa, en la calle Lucena, donde monta su primer hospital. Rápidamente crece su fama por Granada, conociéndolo como el bendito Juan. En los siguientes diez años crece su obra y abre otro hospital en la Cuesta de Gomérez. Es así mismo, un innovador de la asistencia hospitalaria de su época. Sus obras se multiplican y crece el número de sus seguidores, sentándose las bases de su obra a través del tiempo. Es así como nace la Orden de los Hermanos Hospitalarios. Su incansable trabajo hace que caiga enfermo acogiéndolo la familia Pisa en su casa, donde muere el 8 de marzo de 1550.

Fue beatificado en 1630 por el Papa Urbano VIII y canonizado en 1690 por el Papa Alejandro VIII. El Papa León XIII (1878-1903) lo declaró patrono de los enfermos y hospitales.